北交所股票交易佣金，券商默认费率普遍为成交金额的0.03%（万分之三），买卖双边收取，经协商可低至0.02%（万分之二）甚至更低，且北交所不设单笔最低5元的佣金限制。
北交所佣金并非单一费用，而是由券商净佣金和交易所规费两部分组成。其中，交易经手费为固定的0.125‰（万分之1.25），由北交所收取，买卖双边征收。证管费则为0.02‰（万分之0.2），由证监会收取。这两部分规费合计0.145‰，通常会被券商包含在对外报价的佣金中，即业内常说的“全佣”模式。若投资者开户时未明确约定，部分券商可能采用“净佣”模式，即佣金费率不含规费，需在交易时额外叠加支付，这会无形中增加实际交易成本。
与A股主板市场不同，北交所交易佣金的核心优势在于执行“免五”政策。主板市场交易普遍设有单笔佣金不足5元按5元收取的硬性规定，而北交所并无此项全国统一强制要求，佣金严格按实际成交金额比例计算。这对于资金量较小、交易频次高的散户投资者尤为关键，例如交易1万元股票，按万分之二佣金计算，实际仅收取0.2元，而非主板常见的5元最低标准。不过，少数券商会自行设置最低收费门槛，开户前务必与客户经理确认清楚。
佣金费率的高低并非固定不变，主要取决于投资者的资金体量与交易活跃度。普通散户自行在券商APP开通北交所权限，佣金多为默认的万分之三。若账户资产规模较大（通常50万元以上）或为高频交易者，可主动联系客户经理申请下调费率，当前市场头部券商普遍可将费率协商至万分之2.5至万分之2区间。对于机构客户或超大资金量投资者，部分券商甚至能提供低于万分之二的专属优惠费率，具体需一对一洽谈。
除佣金外，北交所交易还需缴纳其他固定费用。印花税为成交金额的0.5‰（万分之五），仅在卖出股票时单边征收，属于国家法定税收，无任何协商空间。过户费则按成交金额的0.01‰（十万分之一）双向收取，由中国结算公司统一征收。以10万元资金进行一次完整买卖交易为例，若按全佣万分之2.5计算，双边佣金合计50元，加上卖出时50元印花税及双边共计2元的过户费，完整交易总成本为102元，清晰的费用结构有助于投资者精准核算交易盈亏。
